【日本株】PANGO系統とは？もっと知りたいコロナ変異株の命名ルール

PANGO系統の命名ルール

新しい系統名は、個々の研究者やグループではなく、Pango委員会によって指定されます。

一般的な命名規則

• Pangoの系統名は、アルファベットの接頭辞と数字の接尾辞で構成されています。アルファベットの接頭辞はラテン文字のみで、大文字小文字は区別されません。
• 標準的な系統の名前の接頭辞には、I、O、X の文字は使われない。
• 数値接尾辞の各ドットは「～の子孫」を意味し、1人の祖先が明確に特定できる場合に適用されます。つまり、B.1.1.7 は B.1.1 の 7 番目の子孫であり、C.1 は C の最初の子孫ということになります。
• 接尾辞は最大で3つの階層を含むことができ、1次、2次、3次の接尾辞と呼ばれます。
• 4段階以上の接尾辞を避けるために、新しい系統の接尾辞が導入され、これは別名として機能します。例えば、CはB.1.1.1の別名であるため、B.1.1.1の子孫は（B.1.1.1ではなく）C.1と呼ばれることになります。このように、Cという名前が直接シーケンスに適用されることはありません。
• Pangoの命名法では、対象となる系統の祖先系統を明確に特定できない場合があります。系統AとBは、系統樹のルートに近い位置にあるため、このようなケースがあります。これらの「特別なケースの祖先」については、アルファベット部分だけを配列に直接適用することができます。それ以外の場合は、接尾辞が必須となります。

組み換え系統の命名規則

• すべての新しい組換え系統には、新しいトップレベルの系統接頭辞が与えられる。
• 新しい組換え系統を指定するのに必要な最小ゲノム数は、非組換え系統を指定するのに必要な数と同じである。
• 組換え系統であるすべてのトップレベルの系統は、Xで始まる接頭辞を持つ。
• 組換えリネージの接頭辞は、発見順に、XA、XB、XC…、XAA、XAB、…XBA、などとなります。
• 組換え系統名には、その推定される親系統に関する情報は含まれていません。そのような情報（不確かであったり、不完全であったりする可能性があります）は、Pangoの系統概要表）で提供されます。
• 組換え系統は、Pangoの命名法の中で明確な祖先系統が1つもないため、「特殊なケースの祖先」です。そのため、配列は数字の接尾辞を付けずに直接プレフィックスに割り当てることができます。このようにして、組み換え系統は系統AとBのように振る舞います。
• 組換えではない子孫系統は、通常の接尾辞の規則（XA.1.1、XA.1.2など）に従います。
• 接尾辞の最大数に達すると、通常のエイリアシング規則が適用されます。つまり、AJが次の利用可能な最上位プレフィックスである場合、XA.1.1.1はAJ.1となります（AJはXA.1.1のエイリアスですが、特別なケースの祖先ではないため、接尾辞なしでは使用されません）。
• 組換えの組換えは、Xで始まる次に利用可能なトップレベルの名前が与えられます。祖先に関する情報は、系統概要表に追加されます。

Pango命名法委員会 Oliver Pybus の投稿の和訳

ねこさん

この命名ルールはなかなか難しそう。WHOラベルがやっぱ分かりやすい！

9月現在のWHOラベル

Pangolin と PANGO系統

Centre for Genomic Pathogen Surveillance が開発したコマンドラインツールとウェブアプリケーションとして利用できる「Pangolin（パンゴリン）」

SARS-CoV-2の系統の動的な命名法（Pango nomenclature）を実装するために開発されたパンゴリン（Pangolin）と呼ばれるソフトウェアツールと命名システムでPANGO系統は命名されています。